Per molti anni, il cortile maggiore è stato utilizzato come deposito temporaneo degli arredi e dei materiali alluvionati del museo e poi di tutto il territorio regionale.
Progettato dall'archeologo Luigi Adriano Milani alla fine dell'Ottocento all'interno del palazzo della Crocetta, sede del Museo Archeologico, è stato restaurato nell'ambito di un progetto ideato dall'Ente Cassa di Rispamrio di Firenze per i 150 anni di Firenze Capitale e d'ora in poi potrà essere visitato su prenotazione.
Nel cortile sono collocate edicole e tempietti con i resti dei più importanti monumenti antichi di Florentia, la Firenze romana, realzzate dal Milano proprio per esporre elementi di decorazioni architettonica, frammenti di edifici e di impianti termali, iscrizioni e reperti del foro romano.
Tutti questi elementi con il passare degli anni erano stati ricoperti dallo smog e dall sporcizia. L'intervento di recupero e restauro finanziato dall'Ente Crf si è svolto nei corso di due anni in una sorta di campo-scuola del restauro coordinata dai restauratori della Soprintendenza.