A metà Ottocento il crocifisso ligneo risalente agli inizi del XVI secolo fu interamente ridipinto con una coloritura marrone scuro in modo da simulare il colore del bronzo, che allora era considerato più nobile del legno.
Quando il progetto vinse il premio Friends of Florence, come ricorda la restauratrice Francesca Spagnoli, "la policromia originale non era visibile, in quanto interamente occultata da una ridipintura non pertinente, bruna e alterata. La prima problematica presentata dal Crocifisso, è stata la messa in sicurezza degli strati pittorici interessati da fenomeni di sollevamenti di materiale diffusi e di grave entità".
Ora, dopo due anni e mezzo, l'opera è stata restaurata con 20mila euro di contributo della Fondazione non profit Friends of Florence, in quanto vincitore dell'omonimo concorso bandito per il Salone del Restauro di Firenze edizione 2014, il cui premio consiste nel finanziamento dell'intero intervento di restauro presentato.
Il lavoro di restauro è stato lungo e complesso e ha richiesto anche le scansioni 3D e la radiografia ai raggi X.