Il suo ultimo, titanico lavoro è stato il trasferimento di decine di opere negli spazi dell'ampliato Museo dell'opera del Duomo, comprese le due porte del Battistero (Paradiso e Porta Nord). Carmine Pepe, era il coordinatore esecutivo di Arteria, una delle maggiori aziende italiane della movimentazione delle opere d'arte: ma soprattutto una vera e propra istituzione nel campo del difficile compito del trasporto dei capolavori dell'arte, tra cui molti dei "gioielli" del patrimonio fiorentino.
"Per il mondo della cultura, dell'arte in particolare, si tratta di una grave perdita - ha commentato il direttore delle Gallerie degli Uffizi, Eike Schmidt esprimendo alla famiglia il cordoglio a nome degli Uffizi - con Pepe se ne va anche un know how di decenni di movimentazione di capolavori".
Tantissime le "imprese" realizzate nel corso della sua lunga carriera in collaborazione con gli Uffizi, o con gli altri musei del capoluogo: tra questi, a fine '80, lo smontaggio e il trasporto della Porta del Paradiso del Battistero di Firenze, realizzata da Ghiberti, all'Opificio delle Pietre dure per il restauro; gli spostamenti internazionali delle sculture etrusche Arringatore e Chimera dall'archeologico di Firenze a Montreal, Parigi, Berlino; il trasferimento da Malta a Firenze, negli anni Novanta, del dipinto caravaggesco San Giovanni Decollato per un intervento di recupero, e quelli, in giro per vari musei italiani della Dama con l'Ermellino di Leonardo.
Pepe ha anche portato a Parigi uno dei pesi massimo degli Uffizi, l'Annunciazione del Botticelli, a Tokio l'Annunciazione di Leonardo (sempre accolto nella galleria vasariana), 'scarrozzato' una gigantesca statua calcarea egizia di 3 tonnellate dal museo di Torino per varie gallerie del Giappone e perfino imballato e spedito in Brasile una collezione di Ferrari per una mostra di motori.