L'indagine è coordinata dai pm Giulio Monferini e Gianni Tei e ruota intorno a due cantieri, il primo aperto nella zona di viale Corsica per la costruzione di una nuova stazione sotterranea per i treni Av progettata dall'architetto Norman Foster e il secondo aperto (e subito richiuso) nella zona di Campo di Marte per il tunnel di collegamento (lungo 7 chilometri) fra la nuova stazione e il resto della rete ferroviaria, bypassando la stazione di Santa Maria Novella.
Sette le società coinvolte con i loro legali rappresentanti: Italferr (società di ingegneria del gruppo Ferrovie), il consorzio Novadia che si aggiudicò l'appalto, Coopsette (socio di maggiorenza del consorzio), e poi Seli spa, Varvanto Lavori srl, Htr srl, Hydra Srl.
Fra le 32 persone per le quali è stato chiesto il rinvio a giudizio ci sono l'ex presidente di Italferr e della Regione Umbria Maria Rita Lorenzetti (Pd), alcuni dirigenti del consorzio Nodavia che aveva vinto la gara di appalto per i lavori, dirigenti del ministero delle infrastrutture come Ettore Incalza e Giuseppe Mele.
Maria Rita Lorenzetti fu arrestata e messa ai domiciliari nel settembre del 2013 con l'accusa di aver favorito Novadia e Coopsette attraverso i suoi contatti politici a Roma. Il tutto per avere in cambio incarichi per il marito nei lavori per la ricostruzione post terremoto in Emilia Romagna.
Le indagini portarono anche al sequestro della maxi-fresa Monna Lisa prima ancora che cominciasse lo scavo per il tunnel. I carabinieri dei Ros, le guardie del Corpo forestale e l'Arpat scoprirono che l'enorme macchinario era stato assemblato con pezzi non originali e quindi non poteva essere utilizzato in sicurezza e che neppure i conci scelti per la copertura interna della galleria avrebbero garantito la dovuta resistenza in caso di incendio.
Un altro filone dell'inchiesta riguarda invece lo smaltimento delle terre di scavo, effettuato in modo illecito declassificandole da rifiuti speciali a materiale non inquinante.
Da allora, i lavori sono ripresi alcuni mesi fa solo nel cantiere della nuova stazione mentre tutto è fermo per il tunnel Av, anche perchè non è stato ancora risolto fra Ferrovie e Regione Toscana la questioen di come classificare, (e quindi dove smaltire) le terre di scavo. Dagli ultimi riscontri, sembra che il cantiere non possa riaprire prima del 2016.